В журнале «БИОпрепараты. Профилактика, диагностика, лечение» опубликована статья

   В журнале «БИОпрепараты. Профилактика, диагностика, лечение» (Том 26, № 1 (2026)) опубликована статья «Влияние мутаций в местах посадки праймеров на эффективность выявления РНК вируса кори методами ПЦР и LAMP» (Г. М. Цыганова, Е. Д. Богословская, Г. А. Шипулин, О. Ю. Шипулина, Е. В. Богословская)

    В представленной работе авторы оценили частоту встречаемости мутаций в местах посадки праймеров и зонда, используемых в наборах реагентов на основе LAMP и ПЦР, разработанных в ФГБУ «ЦСП» ФМБА России, для выявления РНК вируса кори. Были проанализированы все нуклеотидные последовательности, представленные в базе данных NCBI и клинический материал от Российских пациентов. Согласно полученным данным, более 99% последовательностей из базы данных NCBI полностью комплементарны праймерам, используемым в ПЦР, или имеют только одну замену в местах их посадки. Для LAMP была показана чуть большая вариабельность в области посадки праймеров: 96,5% последовательностей, представленных в базе данных NCBI, комплементарны праймерам или содержат единичные мутации. Анализ последовательностей вируса кори, полученных из клинических образцов от пациентов в Российской Федерации, показал наличие одной мутации в области посадки прямого праймера для ПЦР и по одной мутации в областях внешнего праймера F3 и петлевого праймера BIP (B1c и B2) для LAMP. В модельных экспериментах было показано, что при использовании метода ПЦР в большинстве случаев одиночные мутации мало влияют на эффективность амплификации. В случае LAMP одиночные мутации также в большинстве случаев не влияли на чувствительность анализа, однако влияние структуры петлевых праймеров на скорость реакции требует дальнейшего изучения.

    В модельных экспериментах было показано, что при использовании метода ПЦР в большинстве случаев одиночные мутации мало влияют на эффективность амплификации. В случае LAMP одиночные мутации также в большинстве случаев не влияли на чувствительность анализа, однако влияние структуры петлевых праймеров на скорость реакции требует дальнейшего изучения.

В журнале